مالیات تکلیفی پزشکان متعلق به گروهی از پزشکان است، که در استخدام مراکز درمانی نیستند و بدون وجود رابطه کارگر و کافرمایی، برای انجام برخی خدمات با بیمارستانها و یا مراکز درمانی همکاری می‌کنند. این دسته از پزشکان بر اساس جزء 1 بند ز تبصره 6 قانون بودجه 1401 (بند ح تبصره 6 قانون بودجه 1400) مشمول کسر مالیات تکلیفی پزشکان هستند. بر اساس جزء 1 بند ز تبصره 6 قانون بودجه 1401 (بند ح تبصره 6 بودجه 1400)، کلیه مراکز درمانی اعم از دولتی، خصوصی وابسته به نهادهای عمومی، نیروهای مسلح، خیریه‌ها و شرکت‌های دولتی مکلفند 10% از حق الزحمه یا حق العمل گروه پزشکی که به موجب دریافت وجه صورتحساب‌های ارسالی به بیمه‌ها و یا نقدا از طرف بیمار پرداخت می‌شود، به عنوان علی‌الحساب مالیات کسر و به نام پزشک مربوطه تا پایان ماه بعد از وصول مبلغ صورتحساب، به حساب سازمان مالیاتی واریز نمایند. تفاوت مالیات بر حقوق با مالیات تکلیفی پزشکان مالیات بر درآمد حقوق نوعی مالیات تکلیفی است، که به واسطه انعقاد قرارداد کار و اثبات رابطه کارگر و کارفرمایی بر عهده کارفرما قرار می‌گیرد. در این حالت کارفرما موظف است درصدی از حقوق دریافتی پزشک را کسر و تا پایان ماه بعد به حساب سازمان مالیاتی واریز نماید.

اما در خصوص مالیات تکلیفی پزشکان موضوع جزء 1 بند ز تبصره 6 قانون بودجه سال 1401 (بند ح تبصره 6 بودجه 1400)، نیازی به وجود رابطه کارگر و کارفرمایی نیست. تنها اثبات اینکه پزشک مربوطه خدمات خود را در یکی از مراکز مذکور انجام داده است، برای پرداخت مالیات تکلیفی پزشک مربوطه از سوی مرکز درمانی مربوطه کفایت می‌کند. به این ترتیب، مرکز درمانی موظف به کسر مالیات تکلیفی از حق الزحمه پزشک و واریز به حساب سازمان مالیاتی است.